약국 세무, 조제는 면세이고 판매는 과세입니다. 그리고 매출보다 재고가 어렵습니다
약국은 조제(면세)와 일반의약품·건강기능식품 판매(과세)가 한 카운터에서 섞이는 대표적 겸업 사업장입니다. 매출 구분과 공통매입 안분, 의약품 재고 관리, 약국 양수도의 권리금 처리까지 약사님을 위한 세무 포인트를 방배동 김형준 세무사가 정리해드립니다.
안녕하세요, 세무법인 송우 방배지점 김형준 세무사입니다. 진료과별 세무 시리즈의 마지막은 병원 옆의 파트너, 약국입니다.
"처방 조제가 매출의 대부분인데, 판매대 매출 때문에 부가세 신고까지 해야 한다는 게 맞나요?"
결론부터 말씀드리면 맞습니다. 약국은 태생부터 겸업 사업장입니다. 처방 조제는 의료보건 용역으로 면세, 일반의약품·건강기능식품·의약외품 판매는 과세. 한 카운터에서 두 세계의 매출이 함께 찍히기 때문에, 구분·안분·재고라는 세 가지 규율이 약국 세무의 전부라고 해도 지나치지 않습니다.
규율 1: 매출 구분, 카운터에서 이미 갈립니다
| 갈래 | 예 | 부가세 |
|---|---|---|
| 조제 (면세) | 처방전 조제, 공단 청구분 + 본인부담금 | 면세 |
| 판매 (과세) | 일반의약품, 건강기능식품, 의약외품, 화장품·잡화 | 과세 (10%) |
- 조제 매출은 공단 청구(심사·삭감 반영)와 본인부담금 수납의 대사가 기본입니다
- 판매 매출은 포스(POS)에서 과세 코드로 집계됩니다. 조제 대기 중에 함께 계산되는 일반약이 면세로 섞여 찍히지 않도록 포스 상품 코드 세팅이 출발점입니다
- 부가세 신고(1·7월)와 면세분 수입 보고가 함께 가는 구조라, 신고 일정은 과세·면세 겸업 사업자의 캘린더를 그대로 따릅니다
규율 2: 안분, 약국의 공통 매입 처리
임차료, 인테리어, 조제대·판매대 공용 설비의 부가세는 과세(판매) 매출 비율만큼만 공제됩니다. 판매 비중이 20%인 약국이라면 임차료 부가세의 20%를 공제받는 식입니다. 반면 판매 전용 사입(일반약·건기식·잡화)의 매입세액은 전액 공제입니다. 도매상 세금계산서에서 조제용 전문의약품과 판매용 일반의약품이 한 장에 섞여 오는 경우가 많아, 사입 단계에서 갈래를 나눠 기록하는 체계가 필요합니다.
규율 3: 재고, 약국 세무의 진짜 난이도
약국 장부의 어려움은 매출이 아니라 재고에 있습니다.
- 품목 수가 수천 개에 이르고, 조제용·판매용이 섞여 있습니다
- 기말 재고를 대충 잡으면 그 해 원가가 왜곡되어 이익이 실제보다 크거나 작게 계산됩니다
- 유효기간 경과 폐기약은 폐기 확인 절차를 갖춰야 손실로 인정받기 좋습니다
- 반품·교품(도매상 반환) 정산이 원가에서 빠졌는지 확인해야 합니다
연 1회 실사와 포스 재고의 대조, 폐기·반품 기록의 습관화. 이것이 약국 기장에서 가장 공들이는 부분이고, 성실신고 검증에서도 재고·원가율은 단골 점검 항목입니다.
약국의 목돈 이벤트: 양수도와 개국
약국은 개국·양수도 시장이 활발한 업종입니다.
- 권리금: 지급 증빙과 계약서를 갖추면 영업권으로 5년 상각해 경비화합니다. 카페 편에서 본 원칙과 같고, 금액대가 커서 자금출처 관리도 함께 갑니다
- 재고 인수: 양수도 시 재고약 인수 금액의 목록·평가 근거를 남겨야 원가로 섭니다
- 포괄양수도: 사업 전체를 넘기는 구조로 짜면 부가세 없이 정리할 수 있는 경로가 있습니다. 계약 전에 구조를 정해야 하는 사안입니다
- 병원 이전·폐업과 연동되는 입지 리스크가 큰 만큼, 양수도 검토 단계에서 처방전 수 추이와 함께 세무 실사를 하는 것이 안전합니다
자주 묻는 질문
Q. 성실신고확인 기준이 궁금합니다. 약국은 5억인가요? 약국은 업태 구분(도소매 성격의 판매업 포함)에 따라 기준 금액 판정이 일반 보건업과 다르게 적용될 수 있는 업종입니다. 조제·판매 매출 구성에 따라 달라질 수 있어, 연 매출이 커지는 시점에 개별 확인이 필요합니다. 기준 도달 여부와 무관하게 재고·원가 체계는 미리 갖추는 것이 맞습니다.
Q. 마스크·밴드 같은 소액 판매도 다 과세로 찍어야 하나요? 네. 소액이라도 판매분은 과세 매출입니다. 포스 코드만 제대로 세팅되어 있으면 자동으로 집계되니, 세팅 한 번이 연중 정확성을 만듭니다.
Q. 근무약사 인건비 처리에 특별한 점이 있나요? 근로소득 + 4대보험이 원칙이고, 주말·야간 파트 약사도 근무 실태대로 처리합니다. 면허 대여성 구조는 약사법과 세무 양쪽에서 정면 문제가 되니 논외입니다.
마무리
약국 세무는 "카운터에서 나누고, 창고에서 맞춘다"로 요약됩니다. 포스 코드로 과세·면세를 나누고, 재고 실사로 원가를 맞추는 것. 이 두 습관이 서 있는 약국은 부가세도 성실신고도 조용히 지나갑니다.
이것으로 진료과별 세무 시리즈를 마칩니다. 세무법인 송우 방배지점은 약국의 포스 코드 세팅부터 재고·원가 체계, 양수도 세무 실사까지 진행합니다. 개국이나 양수도를 앞두고 계시다면 계약 전에 상담 문의로 구조부터 점검해보세요.
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