세무법인 송우 방배지점
홈›세금이야기›요양원·재가요양센터 세무, 장기요양급여 면세와 요양보호사 인건비
세무기장대리

요양원·재가요양센터 세무, 장기요양급여 면세와 요양보호사 인건비

요양원과 재가요양센터의 장기요양급여는 부가세 면세라 부가세 신고 대신 2월 사업장현황신고를 합니다. 공단 청구액과 본인부담금의 대사, 비급여 항목 분리, 매출의 절반이 넘는 요양보호사 인건비, 개인 시설과 법인 시설의 세금 차이까지 방배동 김형준 세무사가 시설장 눈높이로 정리했습니다.

✍️ 김형준 세무사📅 2026-10-04⏱ 8분 읽기조회 5

안녕하세요, 세무법인 송우 방배지점 김형준 세무사입니다. 이번 글은 어르신을 모시는 요양원과 재가요양센터의 시설장님을 위한 글입니다.

"공단에서 들어오는 급여비랑 보호자가 내는 본인부담금, 식대까지 전부 면세인가요? 사업장현황신고를 처음 해보는데 무엇을 넣어야 할지 모르겠습니다."

결론부터 말씀드리면 장기요양급여는 공단 부담분과 본인부담금 모두 부가세 면세입니다. 그래서 부가세 신고가 없고, 대신 면세사업자의 사업장현황신고를 매년 2월에 합니다. 다만 식재료비나 상급침실료 같은 비급여 항목은 급여 매출과 따로 모아야 하고, 항목 성격에 따라 판단이 갈릴 수 있습니다. 여기에 매출의 절반이 넘는 인건비와 공단 청구 대사가 요양 시설 세무의 몸통입니다.

휠체어와 하트 장식의 요양 시설 건물, 바닥의 약통과 찻잔 일러스트 — 요양원·재가요양센터 세무

장기요양급여는 면세입니다. 그래서 신고가 더 헷갈립니다

노인장기요양보험법에 따라 제공하는 장기요양급여는 부가세가 면제되는 용역입니다. 요양원이 제공하는 시설급여, 재가센터가 제공하는 방문요양·방문목욕·주야간보호 같은 재가급여가 모두 여기 속합니다.

매출 갈래누가 내나부가세
공단 급여비국민건강보험공단면세
본인부담금수급자·보호자면세
비급여 (식재료비·상급침실료·이미용비 등)수급자·보호자항목별 확인
그 밖의 수입 (지원금·이자 등)지자체·금융기관성격별 처리

면세사업자라서 생기는 차이는 세 가지입니다. 부가세 신고를 하지 않습니다. 대신 매년 2월 10일까지 전년도 수입금액을 담은 사업장현황신고를 합니다. 그리고 세금계산서 대신 계산서를 발급하고, 매입한 물품의 부가세는 공제받지 못하고 원가에 묻힙니다. 면세사업자의 한 해 흐름은 학원 편에서 설명한 구조와 같습니다.

본인부담 비율은 시설급여 20%, 재가급여 15%가 기본이고, 감경 대상자는 이보다 낮습니다. 감경분은 공단이 대신 부담하니 시설 입장에서 매출 총액은 같고, 누가 내느냐만 달라집니다.

공단 청구와 본인부담금 대사, 요양원 장부의 절반

요양 시설의 매출은 두 곳에서 들어옵니다. 공단 청구분과 본인부담금. 이 둘을 각각 맞추는 것이 장부의 절반입니다.

공단 청구는 청구, 심사, 조정, 지급의 순서로 흐릅니다. 청구한 금액과 입금된 금액이 다른 달이 많습니다. 심사 과정에서 삭감이 생기고, 지난달 조정분이 이번 달에 얹히기도 합니다. 매출은 용역을 제공한 달 기준으로 잡되, 삭감이 확정되면 그만큼 줄여야 합니다. 한 의뢰인의 재가센터는 청구 금액을 그대로 매출로 신고해 왔는데, 삭감분이 반영되지 않아 매출이 실제보다 크게 잡혀 있었습니다. 청구 프로그램의 지급 결정 내역과 통장 입금을 매달 맞추면 이런 차이가 생기지 않습니다.

본인부담금은 보호자가 계좌이체, 카드, 현금으로 냅니다.

  • 매달 수납 내역과 청구 프로그램의 본인부담금 산정액을 맞춥니다. 미수금이 쌓이면 매출은 잡혔는데 돈은 안 들어온 상태가 되니, 미수금 관리가 곧 장부 관리입니다
  • 현금으로 받으면 현금영수증을 발급합니다. 면세 매출이라도 현금영수증 발급 대상입니다
  • 본인부담금을 깎아 주거나 면제해 주는 것은 노인장기요양보험법이 금지하는 행위입니다. 세무에서도 받았어야 할 매출이 빠진 것으로 봅니다

청구 프로그램에는 급여비, 본인부담금, 감경액이 모두 계산되어 있습니다. 이 자료가 곧 매출 원장이고, 통장이 그 검산지입니다.

비급여 항목은 따로 모으고, 성격을 확인합니다

요양원에는 급여 바깥의 수입이 있습니다. 식재료비, 1인실이나 2인실 같은 상급침실 이용료, 이미용비, 간식비. 이 항목들은 공단 기준에 따라 종류와 수납 기준이 정해져 있고, 시설이 정한 금액을 미리 공시하고 계약서에 적어야 합니다.

세무에서는 두 가지를 챙깁니다.

  • 급여 매출과 분리 집계: 사업장현황신고와 종합소득세 신고에서 수입 구성을 설명할 수 있어야 합니다. 비급여가 급여 매출에 섞여 들어가면 공단 자료와 신고 수입이 맞지 않습니다
  • 항목별 성격 확인: 장기요양 서비스와 한 몸으로 제공되는 항목인지, 별개의 재화·용역인지에 따라 부가세 판단이 갈릴 수 있습니다. 시설마다 제공 방식이 달라 사안별로 확인합니다

가정 수치로 수입 구성을 그려 보겠습니다. 정원 29명 요양원이 한 달에 공단 급여비 5,000만 원, 본인부담금 1,250만 원을 받고, 식재료비를 비급여로 900만 원 받는다고 가정합니다. 월 수입 7,150만 원 가운데 6,250만 원이 장기요양급여 매출이고 900만 원이 비급여입니다. 사업장현황신고에는 이 구성이 그대로 보여야 하고, 900만 원의 식재료비 수입 옆에는 그만큼의 식재료 매입 증빙이 짝으로 붙어야 합니다. 수입은 잡혔는데 매입 증빙이 비면 그 차액이 전부 이익으로 남아 세금이 늘어납니다.

비급여 수입은 공단이 정한 범위를 벗어나면 행정처분 사유가 됩니다. 장부에 공단 기준에 없는 항목의 수입이 보이면 세무보다 먼저 그 이야기를 드립니다.

요양보호사·간호인력 인건비, 매출의 절반 이상

요양 시설의 경비는 인건비가 대부분입니다. 요양보호사, 사회복지사, 간호사와 간호조무사, 조리원, 위생원, 사무원. 여기에 재가센터의 방문요양 요양보호사까지 더하면 지출의 절반을 훌쩍 넘습니다.

직종소득 구분유의점
요양보호사 (시설·방문)근로소득, 4대보험시간제라도 근로계약 원칙
간호사·간호조무사·사회복지사근로소득, 4대보험배치 기준 인력이라 근로자 처리
조리원·위생원근로소득 또는 일용근로근무 형태대로
촉탁의·외부 강사사업소득 3.3% 또는 세금계산서계약서로 관계 확인

방문요양 요양보호사를 3.3% 사업소득으로 처리해 온 센터를 종종 봅니다. 시간제이고 여러 센터에 소속되어 있어서 그렇게 해 왔다는 것인데, 센터의 지시를 받아 정해진 어르신 댁에 정해진 시간에 방문하는 구조는 근로자로 보는 것이 원칙입니다. 4대보험 소급 가입과 퇴직금 문제가 한꺼번에 터지면 세금보다 큰돈이 나갑니다.

인건비에는 급여 외에 처우개선비와 장기근속장려금처럼 공단이 지급하는 수당이 얹힙니다. 요양보호사에게 지급하는 이 금액도 급여에 포함해 원천세를 처리하고, 공단에서 받은 지원금은 시설의 수입으로 잡습니다.

한 가지 더 있습니다. 장기요양기관은 재무회계규칙에 따라 급여 수입의 일정 비율 이상을 인건비로 지출해야 하고, 그 결산을 지자체에 보고합니다. 세무 장부와 시설 회계가 따로 놀면 두 보고서의 인건비가 어긋납니다. 급여대장 하나로 세무 신고와 시설 결산이 같이 나오도록 짜는 것이 요양 시설 기장의 핵심입니다.

개인 시설과 법인 시설, 세금의 출발점이 다릅니다

같은 요양원이라도 개인이 설치한 시설과 법인이 설치한 시설은 세금이 다르게 흐릅니다.

개인 시설은 시설장의 종합소득세로 갑니다. 2월에 사업장현황신고, 5월에 종합소득세 신고를 하고, 매출이 커지면 성실신고확인대상이 되어 6월까지 확인서를 붙입니다. 기준은 업종별로 다르고 요양 시설은 서비스업 구간으로 판정되니 성실신고 편을 참고하시면 됩니다. 시설장 본인의 급여는 경비가 아니고, 남은 이익이 곧 소득입니다.

법인 시설은 법인세로 갑니다. 사회복지법인이나 비영리법인이 운영하는 요양원은 고유목적사업인지 수익사업인지에 따라 법인세 과세 범위가 달라지고, 영리법인이 운영하는 요양원은 일반 법인과 같이 법인세를 냅니다. 대표자 급여가 경비가 되고, 결산서류가 공단과 지자체 보고에 그대로 쓰입니다.

개인 시설이 커져 2호점을 내거나 요양원과 재가센터를 함께 운영하게 되면 법인 전환을 고민하게 됩니다. 인건비 비중이 높고 대표 급여를 경비로 넣을 수 있다는 점에서 법인이 유리한 구간이 있는데, 시설 설치 신고와 공단 지정을 다시 받아야 하는 절차가 따릅니다. 판단 기준은 법인 전환 편의 원칙과 같고, 요양 시설은 여기에 행정 절차 비용을 더해서 봅니다.

신고 캘린더: 면세사업자 요양 시설의 한 해

  • 매월 또는 반기: 직원 급여의 원천세 신고
  • 2월 10일: 사업장현황신고. 전년도 수입금액과 계산서 합계표를 냅니다. 공단 지급 결정 내역, 본인부담금 수납 내역, 비급여 수입을 이때 확정합니다
  • 3월: 근로소득 지급명세서 제출. 법인 시설은 법인세 신고
  • 5월: 개인 시설의 종합소득세 신고. 성실신고확인대상이면 6월까지
  • 연중: 재무회계규칙에 따른 시설 결산 보고와 공단 현지 조사 대비

사업장현황신고를 빼먹는 센터가 많습니다. 부가세 신고가 없으니 신고 자체가 없는 줄 아는 것입니다. 이 신고가 빠지면 국세청에는 수입금액 자료가 없고, 5월 종합소득세 신고 때 매출을 처음부터 다시 맞춰야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 방문요양 센터인데 매출이 작아 사업장현황신고를 안 했습니다. 문제가 되나요? 가산세 적용 여부는 업종에 따라 다르지만, 신고가 빠지면 수입금액이 확정되지 않아 종합소득세 신고 때 공단 자료와 대조하며 처음부터 다시 잡아야 합니다. 지금이라도 지난 연도 자료를 정리해 신고하는 것이 맞습니다.

Q. 요양보호사 급여를 3.3%로 처리해 왔습니다. 계속 그래도 되나요? 원칙은 근로자입니다. 계속 3.3%로 가면 4대보험 소급, 퇴직금, 인건비 지출 비율 문제가 한꺼번에 올 수 있습니다. 근로계약으로 전환하는 시점과 방법을 정해 순서대로 옮기는 것이 안전합니다.

Q. 어르신 식사 재료를 마트에서 현금으로 삽니다. 경비로 인정되나요? 경비로 인정받으려면 증빙이 있어야 합니다. 사업자 명의 카드로 사거나 현금영수증을 받아 두세요. 면세사업자라 매입세액 공제는 없지만, 종합소득세 경비로는 그대로 들어갑니다. 식재료비를 비급여로 받고 있다면 그 수입과 지출이 짝이 맞는지도 함께 봅니다.

마무리

요양 시설 세무는 "공단 자료가 원장이고, 급여대장이 두 보고서를 잇는다"로 정리됩니다. 청구 프로그램의 지급 결정 내역으로 매출을 잡고, 비급여를 따로 모으고, 급여대장 하나로 세무 신고와 시설 결산을 함께 만드는 것. 이 구조가 서 있으면 2월 사업장현황신고도, 5월 종합소득세도, 공단 현지 조사도 같은 숫자로 답할 수 있습니다.

세무법인 송우 방배지점은 요양원·재가센터의 공단 청구 대사부터 비급여 정리, 요양보호사 인건비와 4대보험, 사업장현황신고와 종합소득세·법인세 신고까지 진행합니다. 기장 견적 상담은 무료이니 시설 개설이나 법인 전환을 앞두고 계시다면 상담 문의로 연락 주세요.


네이버 블로그에서 더 보기

직접 진행한 사례

의뢰인 식별정보 없이 요약한 실제 사례입니다. 결과는 재산 구조와 요건에 따라 사안별로 달라집니다.

세무조사

노량진 음식점 세무조사

결과 · 대응 전략 수립으로 추징세액 60% 감경

자금출처조사

방배본동 자금출처조사 대응

결과 · 소명 자료 준비로 가산세 50% 감경

세무법인 송우 방배지점 · 김형준 세무사

세금 고민이 있으신가요?

사무장 중간 단계 없이, 김형준 세무사가 처음부터 끝까지 직접 상담합니다.

상담 신청하기
전화 상담
카카오톡
상담 신청
네이버 블로그
전화 상담카카오톡상담 신청