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소규모 제조업 소공장 세무, 재고·외주가공비와 중소기업 세액감면

소공장의 세금은 매출이 아니라 기말재고와 외주가공비 증빙에서 갈립니다. 원재료·재공품·제품 평가로 원가를 맞추는 법, 외주비 세금계산서, 설비 감가상각, 중소기업특별세액감면과 창업감면의 선택, 산재·고용보험까지 제조업 사장님을 위한 세무를 방배동 김형준 세무사가 실제 상담 사례를 바탕으로 설명합니다.

✍️ 김형준 세무사📅 2026-10-07⏱ 8분 읽기조회 2

안녕하세요, 세무법인 송우 방배지점 김형준 세무사입니다. 업종별 기장 시리즈, 이번에는 직원 몇 명과 기계 몇 대로 돌아가는 소규모 제조업, 소공장입니다.

"매출은 작년이랑 비슷한데 세금이 훨씬 많이 나왔습니다. 연말에 창고에 쌓아둔 자재 때문이라는데, 안 판 물건이 왜 세금이 되나요?"

결론부터 말씀드리면, 제조업의 이익은 "매출에서 매입을 뺀 것"이 아니라 "매출에서 매출원가를 뺀 것"이고, 매출원가는 기말재고가 정합니다. 12월 31일에 창고에 남은 원재료·반제품·완제품은 그 해 원가에서 빠집니다. 재고가 늘면 원가가 줄고, 원가가 줄면 이익이 늘어난 것으로 계산되어 세금이 커집니다. 안 판 물건이 세금이 된 게 아니라, 안 판 물건을 원가에 넣을 수 없는 것입니다. 소공장 세무의 핵심은 이 재고를 포함해 네 가지입니다. 기말재고 3종의 평가, 외주가공비의 세금계산서, 설비의 감가상각, 그리고 중소기업 세액감면의 선택입니다. 마지막으로 공장이기 때문에 더 무거운 산재·고용보험을 짚겠습니다.

재고 선반 3단과 가공 기계, 렌치와 톱니바퀴 일러스트, 소규모 제조업 소공장 세무

재고 3종, 원재료·재공품·제품이 원가를 정합니다

제조업 원가의 뼈대는 한 줄입니다.

매출원가 = 기초재고 + 당기 투입(재료비·노무비·경비) − 기말재고

가정 수치로 보겠습니다. 매출 5억 원, 기초재고 3,000만 원, 당기 투입 3억 5,000만 원인 공장이 있습니다.

기말재고를 얼마로 잡느냐매출원가이익
5,000만 원 (실사 결과)3억 3,000만 원1억 7,000만 원
3,000만 원 (대충 작년과 같게)3억 5,000만 원1억 5,000만 원

기말재고 2,000만 원 차이가 이익 2,000만 원 차이입니다. 적용 세율 구간에 따라 세금이 수백만 원 갈립니다. 반대로 재고를 실제보다 낮게 잡으면 그 해 세금은 줄지만 다음 해 기초재고가 낮아져 이익이 밀려 나오고, 조사에서 재고 누락으로 잡히면 가산세까지 붙습니다. 재고는 줄이는 기술이 아니라 맞추는 기술입니다.

세 종류를 따로 봐야 합니다.

  • 원재료: 매입 단가로 평가합니다. 매입 세금계산서와 창고 수량이 근거입니다
  • 재공품: 가공 중인 물건입니다. 투입된 재료비에 그 시점까지의 가공비(인건비·전기료·외주비)를 진행률만큼 얹어 평가합니다. 소공장이 가장 자주 빼먹는 항목입니다
  • 제품: 완성품입니다. 재료비·노무비·제조경비를 합한 제조원가로 평가합니다

실무 규율은 세 가지입니다. 12월 31일 기준 실사를 하고 사진과 수량표를 남길 것, 재고수불부(입고·출고·잔량)를 월 단위로 유지할 것, 재고자산 평가방법을 신고해둘 것. 평가방법을 신고하지 않으면 법이 정한 방법(선입선출법)이 적용되는데, 단가가 오르는 시기에는 이 방법이 이익을 크게 보이게 만듭니다. 불량·폐기분은 폐기 사진과 폐기물 처리 확인서를 갖춰야 손실로 인정받기 좋습니다. 이 원가 체계를 세우는 것이 제조업 기장의 절반입니다.

외주가공비, 세금계산서가 없으면 원가가 사라집니다

도금·열처리·사출·절곡·도장처럼 공정 일부를 밖에 맡기는 외주가공비는 소공장 원가의 큰 축입니다. 규칙은 단순합니다. 세금계산서가 있어야 원가입니다. 없으면 경비에서 빠지고, 적격증빙 없이 지출한 금액에는 증빙불비 가산세 2%가 따로 붙습니다.

  • 사급과 도급의 구분: 내 원재료를 외주업체에 보내 가공만 맡기는 사급이면, 외주업체 창고에 있는 그 자재는 여전히 내 재고입니다. 기말재고 실사 때 외주업체에 나가 있는 자재를 빼먹으면 기말재고 계산이 무너집니다
  • 외주업체가 무등록 개인 작업자일 때: 세금계산서가 나올 수 없습니다. 실질이 인적용역이면 3.3% 사업소득이나 일용직 근로소득으로 원천징수 신고를 해야 경비가 살아납니다. 인테리어·시공업 편에서 다룬 현장 인건비 규율과 같은 원리입니다
  • 외주가공비인가 인건비인가: 매일 우리 공장에 출근해 우리 기계로 일하는 사람에게 세금계산서를 받는 구조는 실질 근로자로 판단될 위험이 있습니다. 4대보험 소급 가입과 퇴직금 문제로 번질 수 있어 계약 형태를 실질에 맞춰야 합니다
  • 외주업체 세금계산서 발행 시점: 가공 완료·납품 시점 기준입니다. 연말에 걸친 건은 어느 해 원가인지 정해두어야 합니다

설비 감가상각, 사기 전에 정해야 합니다

기계장치는 산 해에 전액 경비가 되지 않습니다. 내용연수에 걸쳐 나눠 경비화하는 것이 감가상각입니다. 내용연수는 업종별 기준내용연수 표에 따라 정해지고 일정 범위에서 선택할 수 있으며, 상각 방법은 정액법과 정률법 중 신고합니다. 개인사업자가 기계장치의 방법을 신고하지 않으면 정률법이 적용되어 초기 연도 상각비가 크게 잡힙니다. 초기에 이익이 적은 창업 공장이라면 정액법이 오히려 유리할 수 있어, 첫 신고 전에 정하는 것이 맞습니다.

설비 투자를 앞두고 함께 볼 것들입니다.

  • 부가세 조기환급: 사업 설비를 새로 취득하면 매입세액을 확정신고까지 기다리지 않고 조기환급 신청할 수 있는 제도가 있습니다. 설비값의 10%가 몇 달 빨리 돌아오는 것이라 자금 계획에 영향이 큽니다
  • 통합투자세액공제: 사업용 설비 투자액의 일정 비율을 세액에서 빼주는 제도가 있습니다. 대상 자산·비율은 사안별 확인이 필요하고, 2026년 기준이며 개정될 수 있습니다
  • 중고 설비·리스: 중고 기계도 취득가액으로 상각합니다. 리스는 계약 형태에 따라 임차료 경비인지 자산 취득인지가 갈립니다
  • 보조금으로 산 설비: 국고보조금을 받았다면 보조금만큼 자산 가액을 줄이거나 별도 처리를 해야 이중으로 이익이 잡히지 않습니다

중소기업 세액감면, 둘 중 하나를 고릅니다

제조업은 세액감면이 열려 있는 업종입니다. 대표적인 두 가지가 있고, 같은 해에 둘을 겹쳐 받을 수는 없습니다. 매년 유리한 쪽을 선택해 신고서에 감면신청서를 첨부합니다. 신청하지 않으면 자동으로 적용되지 않습니다.

구분중소기업특별세액감면창업중소기업 세액감면
누가감면 업종(제조업 포함)의 중소기업 전부창업 후 일정 기간 안의 중소기업
얼마나기업 규모·소재지·업종에 따라 구간별 감면율창업 후 5년간 50~100%
기간요건을 갖춘 해마다소득 발생 연도부터 5년
핵심 요건감면 업종·중소기업 요건최초 창업, 수도권과밀억제권역 여부, 청년 여부

중소기업특별세액감면은 소기업이 중기업보다, 수도권 밖이 수도권 안보다 감면율이 높은 구조입니다. 제조업 소기업 기준으로 수도권은 20%, 수도권 밖은 30% 수준으로 안내됩니다(10%는 도매·소매·의료업 구간입니다). 2026년 기준이며 개정될 수 있고, 실제 적용률은 해당 사업연도의 법령으로 확인해야 합니다. 창업감면은 창업중소기업 세액감면 글에서 요건 4가지를 정리해두었습니다. 청년이 수도권과밀억제권역 밖에서 공장을 창업했다면 창업감면 쪽이 훨씬 크고, 그 요건이 안 되면 특별세액감면이 기본값이 됩니다. 어느 쪽이든 최저한세(감면을 받아도 최소한 내야 하는 세금)의 적용을 받으니, 감면율만 보고 "세금이 0"이라고 계산하시면 안 됩니다.

가정 수치로 감을 잡아보겠습니다. 수도권 소공장의 한 해 산출세액이 1,000만 원이라면, 특별세액감면 20%로는 200만 원이 줄고, 창업감면 50%가 적용되면 500만 원이 줄어듭니다. 같은 공장, 같은 이익인데 어느 감면을 고르느냐로 300만 원이 갈립니다. 창업감면은 요건 판단(최초 창업인지, 기존 사업의 승계는 아닌지, 소재지가 어디인지)이 까다로운 대신 폭이 크고, 특별세액감면은 폭이 작은 대신 매년 안정적으로 이어집니다. 창업 5년이 지나면 자연스럽게 특별세액감면으로 넘어가게 되니, 두 제도를 순서대로 쓴다고 생각하시면 됩니다.

산재·고용보험: 공장은 사람이 다치는 곳입니다

근로자를 한 명이라도 쓰면 산재보험과 고용보험은 당연 가입입니다. 미가입 상태에서 산업재해가 나면 보험급여는 지급되지만 그 일부를 사업주에게 징수하고, 그동안의 보험료도 소급됩니다. 세무 문제이기 이전에 사업의 존폐 문제라 가장 먼저 챙깁니다.

  • 생산직 인건비는 제조원가(노무비), 사무직 인건비는 판매관리비로 나눠 기록합니다. 성실신고확인이나 조사에서 원가명세서를 보기 때문입니다
  • 외국인 근로자·일용직도 근로소득 원천징수와 지급명세서 제출 대상입니다. 신고가 없으면 경비도 없습니다
  • 소규모 사업장의 사회보험료 지원 제도(두루누리)가 있으니 요건이 되면 신청합니다
  • 성실신고확인 기준은 제조업의 경우 연 매출 7억 5,000만 원 이상입니다. 기준에 닿기 전에 원가명세서를 만들 수 있는 장부 체계를 갖춰야 합니다

자주 묻는 질문

Q. 재공품 평가가 너무 어렵습니다. 원재료와 제품만 잡고 재공품은 빼면 안 되나요? 재공품을 빼면 그 안에 들어간 재료비와 가공비가 전부 그 해 원가로 들어가 이익이 실제보다 작게 나옵니다. 다음 해에는 반대로 이익이 부풀어 나옵니다. 정확할 필요는 없지만 "진행률 50%"처럼 일관된 기준으로 매년 같은 방식으로 잡는 것이 중요합니다. 기준이 있으면 조사에서 설명이 되고, 없으면 추계로 갑니다.

Q. 공장 임차료·전기료 부가세가 큰데 다 돌려받을 수 있나요? 제조업은 과세 사업이라 사업 관련 매입세액은 원칙적으로 전액 공제됩니다. 임차료·전기료·설비·자재 모두 세금계산서만 있으면 됩니다. 매입세액이 매출세액보다 크면 환급이고, 설비 투자로 그렇게 됐다면 조기환급 신청을 검토합니다.

Q. 법인 전환을 권유받았습니다. 제조업은 언제가 적기인가요? 소득이 커져 개인 소득세율 구간이 법인세율보다 높아지는 시점, 성실신고확인 대상에 가까워지는 시점, 외부 거래처가 법인 거래를 요구하는 시점이 겹칠 때입니다. 법인 전환 글에 판단 기준을 정리해두었습니다. 창업감면을 받고 있는 개인사업자라면 요건을 갖춘 전환 방식을 택해야 남은 감면 기간이 이어지므로 전환 전에 확인이 필요합니다.

마무리

소공장 세무는 "창고를 세고, 외주를 증명하고, 감면을 고른다"로 압축됩니다. 재고 실사가 원가를 만들고, 세금계산서가 외주비를 지키고, 감면 선택이 최종 세금을 정합니다. 매출을 늘리는 것만큼이나 이 세 가지를 갖추는 것이 이익을 지킵니다.

세무법인 송우 방배지점은 소공장의 재고·원가 체계 세팅부터 외주가공비 증빙, 세액감면 선택과 성실신고까지 진행합니다. 기장 견적 상담은 무료이니, 결산 전에 상담 문의로 재고부터 점검해보시기 바랍니다.


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