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베이커리·빵집 세무, 밀가루 의제매입과 프랜차이즈 본사 매입

빵집 매출은 전부 과세인데 밀가루·계란·우유 같은 면세 재료를 씁니다. 계산서로 받는 의제매입세액공제와 프랜차이즈 본사의 세금계산서 매입을 갈래별로 나누고, 폐기 손실·새벽 인건비·현금영수증까지 베이커리 사장님이 챙길 부분을 방배동 김형준 세무사가 정리했습니다.

✍️ 김형준 세무사📅 2026-10-01⏱ 8분 읽기조회 1

안녕하세요, 세무법인 송우 방배지점 김형준 세무사입니다. 이번 글은 새벽 네 시에 오븐을 켜는 베이커리 사장님을 위한 글입니다.

"밀가루랑 계란은 면세라서 세금계산서가 안 나오는데, 그러면 부가세 공제는 아예 못 받는 건가요?"

결론부터 말씀드리면 받을 수 있습니다. 면세 재료를 사서 과세 상품인 빵을 만드는 구조에는 의제매입세액공제라는 장치가 있습니다. 다만 두 가지를 정확히 나눠야 합니다. 하나는 면세 재료를 계산서로 사는 갈래, 다른 하나는 프랜차이즈 본사에서 냉동생지와 완제품을 세금계산서로 사는 갈래입니다. 이 둘을 한 통에 넣고 신고하면 공제가 빠지거나, 반대로 공제가 과다해져 나중에 돌려내게 됩니다.

식빵·크루아상·바게트가 놓인 유리 빵 진열장, 왼쪽의 제빵 오븐, 바닥의 밀가루 포대와 달걀판 그림. 베이커리의 의제매입세액공제와 프랜차이즈 매입을 설명하는 글.

빵집의 매출은 전부 과세이고, 들어오는 길은 세 갈래입니다

빵, 케이크, 샌드위치, 커피. 매장에서 파는 것은 전부 과세 매출입니다. 재료가 면세라고 해서 완성품이 면세가 되지는 않습니다. 밀가루는 면세이지만 식빵은 10% 부가세가 붙는 가공식품입니다.

매출이 들어오는 길은 크게 세 갈래입니다.

  • 카드와 간편결제: 포스에서 자동 집계됩니다. 신고 매출과 카드사 자료가 어긋날 일이 거의 없습니다
  • 현금과 계좌이체: 케이크 예약금, 단체 주문 잔금, 아침 손님의 현금 결제가 여기 속합니다. 국세청이 빵집 매출을 볼 때 가장 먼저 보는 자리입니다
  • 플랫폼 정산: 배달앱, 네이버 스마트주문, 케이크 예약 플랫폼은 수수료를 뗀 금액이 입금됩니다. 매출은 수수료를 떼기 전 금액으로 잡고, 수수료는 경비로 넣습니다

케이크 주문이 많은 매장일수록 계좌이체 매출의 비중이 큽니다. 한 의뢰인은 인스타그램으로 받는 주문 케이크가 한 달에 백 개가 넘는데, 대부분 계좌이체였습니다. 이 매출을 포스에 찍지 않으면 카드 매출만 신고되고, 계좌 입금 내역은 그대로 남습니다. 이체 매출도 포스에 현금 매출로 입력하고 현금영수증을 발급하는 습관이 필요합니다. 플랫폼 정산의 구조는 카페 편에서 설명한 것과 같습니다.

면세 재료의 의제매입세액공제

밀가루, 계란, 우유처럼 가공되지 않은 식료품은 부가세가 면제됩니다. 그래서 거래처는 세금계산서가 아니라 계산서를 끊어 줍니다. 세금계산서가 없으니 매입세액이 없고, 그러면 빵을 팔 때 붙는 10%를 고스란히 내야 하는 구조가 됩니다. 이 불균형을 줄이는 장치가 의제매입세액공제입니다. 면세 재료 매입액에 일정 비율을 곱한 금액을 매입세액으로 인정해 줍니다.

공제율은 업종 구분에 따라 다릅니다.

구분공제율비고
개인 음식점업8/108매장 내 취식 위주의 업태
음식점 외 일반 업종4/104제조·소매 성격의 업태
개인 과자점업별도 구간사업자등록 업종과 실제 영업 형태로 확인

제과점은 빵을 만들어 파는 제조·소매 성격과 매장에서 먹고 가는 음식점 성격이 겹치는 업종입니다. 어느 갈래로 잡히느냐에 따라 공제율이 달라지고, 개인이 운영하는 과자점업에는 별도 공제율 구간이 있어 확인이 필요합니다. 공제율은 2026년 기준이며 개정될 수 있습니다.

가정 수치로 차이를 보겠습니다. 연간 면세 재료 매입이 3,000만 원인 매장이라면, 4/104를 적용할 때 약 115만 원, 8/108을 적용할 때 약 222만 원이 매입세액으로 인정됩니다. 같은 밀가루를 사고도 업종 구분 하나로 연 100만 원 넘게 갈리는 셈입니다.

요건도 있습니다.

  • 계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 중 하나로 매입 사실이 확인되어야 합니다. 마트에서 현금으로 사고 영수증을 버리면 공제가 없습니다
  • 공제에는 한도가 있습니다. 과세 매출 규모에 비례해 상한이 정해지므로, 재료비 비중이 유난히 높은 매장은 한도에 걸리는지 미리 봐야 합니다
  • 공제받은 재료가 실제로 과세 상품 제조에 쓰였어야 합니다. 직원 식사용으로 산 계란은 대상이 아닙니다

의제매입의 기본 원리는 음식점 편과 같지만, 빵집은 재료의 갈래가 더 복잡합니다. 밀가루·계란·우유는 면세인데 설탕, 버터, 초콜릿, 생크림처럼 가공을 거친 재료는 과세 재화입니다. 같은 냉장고 안에 계산서 재료와 세금계산서 재료가 함께 있습니다.

프랜차이즈 본사 매입은 다른 규칙으로 갑니다

프랜차이즈 베이커리라면 매입의 절반 이상이 본사에서 옵니다. 냉동생지, 완제품 케이크, 프리믹스, 포장재, 로열티. 이것들은 전부 과세 재화와 용역이라 본사가 세금계산서를 발행합니다. 이 갈래는 의제매입이 아니라 일반 매입세액공제입니다. 세금계산서에 찍힌 부가세를 그대로 공제받습니다.

매입 갈래증빙처리
밀가루·계란·우유 (면세)계산서의제매입세액공제
설탕·버터·초콜릿 (과세)세금계산서일반 매입세액공제
본사 냉동생지·완제품·프리믹스세금계산서일반 매입세액공제
로열티·광고분담금세금계산서경비 + 매입세액공제
가맹비·인테리어세금계산서자산으로 잡고 여러 해에 나눠 경비화

실무에서 자주 어긋나는 지점은 두 가지입니다.

첫째, 본사 정산서와 세금계산서가 다릅니다. 본사는 월별 정산서를 보내 주는데, 정산서에는 반품, 할인, 프로모션 지원금이 섞여 있습니다. 세금계산서 금액과 정산서 금액이 다르면 세금계산서가 기준입니다. 정산서를 보고 매입을 잡으면 실제 세금계산서와 어긋나 홈택스 대사에서 차이가 납니다.

둘째, 본사가 공급하는 재료 중에도 면세 품목이 있습니다. 본사 통합 물류로 계란이나 우유가 함께 오면 그 부분은 계산서로 끊깁니다. 한 거래처인데 세금계산서와 계산서가 같이 오는 구조입니다. 계산서 부분만 골라 의제매입으로 넣어야 합니다. 본사 매입을 통째로 세금계산서 매입으로 처리하면 그 면세 부분의 의제매입을 놓치고, 반대로 통째로 의제매입에 넣으면 이중 공제가 됩니다.

가맹비와 인테리어는 그 해 경비가 아닙니다. 가맹 계약 기간에 걸쳐 나누거나 감가상각으로 여러 해에 나눠 경비화합니다. 개업 첫해에 큰돈이 나갔는데 장부상 이익이 크게 잡히는 이유가 여기 있습니다.

폐기 손실과 재고, 남는 빵을 장부에 남기는 법

빵은 당일 판매가 원칙이라 매일 남는 물량이 생깁니다. 이 폐기가 장부에 없으면 원가율이 실제보다 낮게 잡히고, 매입한 재료 대비 매출이 작아 보여 매출 누락으로 의심받기 좋습니다.

  • 폐기 대장: 날짜, 품목, 수량을 매일 적습니다. 사진 한 장을 함께 남기면 증빙이 됩니다
  • 기부 처리: 푸드뱅크 등에 기부하면 기부 확인서를 받아 경비로 반영할 수 있습니다. 버리는 것보다 낫습니다
  • 마감 할인: 마감 전 할인 판매는 매출로 잡히니 폐기와 구분합니다
  • 기말 재고: 밀가루 포대, 냉동생지 박스, 포장재는 연말에 세어서 재고로 남깁니다. 재고를 0으로 두면 그 해 원가가 부풀어 이익이 줄고, 다음 해에는 반대로 이익이 튑니다

원가율 관리는 빵집 기장에서 가장 신경 쓰는 부분입니다. 재료비 비중이 동종 업계 평균보다 유난히 높으면 국세청 분석에서 눈에 띄고, 유난히 낮으면 매입을 빼먹은 것이니 어느 쪽이든 이유를 설명할 수 있어야 합니다.

새벽 인건비와 야간 수당

베이커리의 인건비는 새벽에 시작됩니다. 제빵사는 오전 네다섯 시에 출근하고, 근로기준법상 오후 열 시부터 오전 여섯 시 사이의 근무는 야간 근로에 해당해 가산 수당이 붙습니다. 급여 계약서에 이 시간이 반영되어 있어야 인건비 경비도, 노무 리스크도 정리됩니다.

  • 제빵사와 매장 직원: 근로소득으로 4대보험 가입이 원칙입니다. 야간·연장 수당은 급여대장에 항목을 나눠 적습니다
  • 주말 파트타임: 짧게 일하는 인력은 근무 형태에 따라 일용근로자로 신고하거나 단시간 근로자로 4대보험에 넣습니다. 3.3%로 처리하는 관행이 있는데, 출퇴근 시간이 정해진 매장 인력은 근로자로 보는 것이 안전합니다
  • 가족 종사자: 배우자나 자녀가 매장에 나오면 실제 근무 기록과 계좌이체 급여가 있어야 경비로 인정됩니다

인건비를 경비로 넣지 않고 넘어가는 매장이 의외로 많습니다. 4대보험 부담 때문인데, 인건비가 빠진 장부는 이익이 부풀어 종합소득세가 늘고, 직원 퇴사 시 노무 분쟁의 원인이 됩니다. 경비 인정의 기준은 다른 업종과 같습니다. 실제 지급, 증빙, 사업 관련성 세 가지입니다.

신고 일정과 성실신고, 빵집의 한 해

  • 부가세: 1월과 7월에 확정신고를 하고, 4월과 10월에는 예정고지 납부가 있습니다. 의제매입 공제는 확정신고 때 계산서 합계를 근거로 반영합니다
  • 종합소득세: 5월에 신고합니다. 매출이 커지면 성실신고확인대상이 되어 6월까지 확인서를 붙여야 하고, 재료비·인건비·폐기 기록이 이때 검증됩니다. 기준과 절차는 성실신고 편에 정리되어 있습니다
  • 원천세: 직원 급여의 원천세는 매월 또는 반기별로 신고합니다. 야간 수당이 들어간 급여대장이 이 신고의 근거가 됩니다

자주 묻는 질문

Q. 빵도 팔고 커피도 팔면 공제율은 어느 쪽을 적용하나요? 사업자등록상 업종과 실제 영업 형태를 함께 봅니다. 매장 취식 비중, 음료 매출 비중, 제조 설비 규모에 따라 판단이 갈리고, 잘못 적용하면 나중에 차액을 돌려내야 합니다. 개업 전이나 업종 변경 전에 정해 두는 것이 가장 깔끔합니다.

Q. 본사 정산서만 보관하면 세금계산서는 따로 챙기지 않아도 되나요? 세금계산서가 기준 증빙입니다. 정산서는 반품과 지원금이 섞여 있어 보조 자료로만 씁니다. 전자세금계산서는 홈택스에서 조회되니, 매달 정산서와 세금계산서 합계를 한 번씩 맞춰 보시면 됩니다.

Q. 케이크 예약금을 계좌로 받았는데 손님이 취소했습니다. 매출인가요? 환불했다면 매출이 아닙니다. 환불하지 않고 위약금으로 남긴 금액은 성격에 따라 매출 또는 기타 수입으로 잡습니다. 어느 쪽이든 입금과 환불 기록이 계좌에 남으니 포스와 계좌를 함께 맞춰 두면 됩니다.

마무리

빵집 세무는 "재료는 갈래대로, 빵은 남김없이"로 요약할 수 있습니다. 면세 재료는 계산서로 받아 의제매입으로, 본사 매입은 세금계산서로 받아 일반 공제로 나누는 것. 그리고 남은 빵과 남은 밀가루를 장부에 빠짐없이 남기는 것. 이 두 가지가 서 있으면 부가세 신고도, 성실신고도 어렵지 않습니다.

세무법인 송우 방배지점은 베이커리의 매입 갈래 정리부터 의제매입 신고, 인건비와 성실신고까지 진행합니다. 기장 견적 상담은 무료이니 개업 전이나 업종 정리가 필요한 시점에 상담 문의로 연락 주세요.


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